Isolasi dan kloning gen stearoyl-ACP desaturase pada kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) varietas tenera

Aditianti, Driya Shintia Dewi (2010) Isolasi dan kloning gen stearoyl-ACP desaturase pada kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) varietas tenera. Other thesis, Universitas Al Azhar Indonesia.

Text (UAI) - Published Version Available under License Creative Commons Attribution Non-commercial. Download (0B)

Abstract

Stearoyl-acyl carrier protein desaturase (SAD) merupakan salah satu enzim kunci dalam sintesis asam lemak tanaman tingkat tinggi. SAD berperan mendesaturasi stearoyl-ACP untuk membentuk oleoyl-ACP dalam pembentukan asam oleat. Isolasi gen SAD full length yang mengandung daerah ujung 5 dan ujung 3 dilakukan dengan teknik rapid amplification of cDNA Ends (RACE). Penelitian dimulai dari isolasi total RNA digunakan sebagai cetakan dalam proses transkripsi balik untuk sintesis cDNA ujung 5 dan 3. Ekor homopolymer C ditambahkan pada cDNA ujung 5 dan 3. Ekor homopolymer C ditambahkan pada cDNA ujung 5. Amplifikasi cDNA ujung 5 melalui PCR 5 RACE menghasilkan pita smear dan pita berukuran 866 pb dari PCR Nested. Amplifikasi cDNA ujung 3 melalui PCR 3 RACE dan PCR 3 Nested menghasilkan fragmen berukuran 955 pb dan 916 pb. Produk PCR Nested cDNA ujung 5 dan ujung 3 diligasi ke dalam vektor pGEM-T easy dan ditransformasi ke dalam sel Ecoli DH5 alfa dengan metode elektroporasi. Pengklonan cDNA ujung 5 menghasilkan 150 koloni dengan cDNA ujung 3 menghasilkan 136 koloni. Isolat DNA plasmid rekombinan diverifikasi melalui pCR dan sekuensing menggunakan primer SP6 dan T7. Verifikasi PCR plasmid rekombinan cDNA ujung 5 menghasilkan 150 koloni dan cDNA ujung 3 menghasilkan 136 koloni. Isolat DNA plasmid rekombinan diverifikasi melalui PCR dan sekuensing menggunakan primer SP6 dan T7. Verifikasi PCR plasmid rekombinan cDNA ujung 5 dan ujung 3 menghasilkan fragmen berukuran 700 pb dan 750 pb. Verifikasi sekuensing menghasilkan panjang 529 basa untuk cDNA ujung 5 dan 396 basa untuk cDNA ujung 3. Sekuen cDNA ujung 5 dan ujung 3 di-assembly menghasilkan panjang nukleotida sebanyak 895 basa dengan daerah overlapping sebanyak 30 basa. Analisa alignment menggunakan software Geneious 4.8.3, menunjukkan nilai pairwase identity terhadap sekuen AF143501 dan U68756, yaitu sebesar 97,7% dan 96,2%. Berdasarkan analisa pohon filogenetik produk assembly termasuk dalam kelompok yang sama dengan sekuen AF143501.

Actions (login required)

View Item