Multiple Sequence Alignment Menggunakan Metode Center Star Sebagai Dasar Phylogenetic Tree

Firdaus, Pradanuari (2017) Multiple Sequence Alignment Menggunakan Metode Center Star Sebagai Dasar Phylogenetic Tree. Diploma thesis, Universitas Al Azhar Indonesia.

Text (UAI) - Published Version Available under License Creative Commons Attribution Non-commercial. Download (0B)

Abstract

Multiple Sequence alignment merupakan pengolahan dari beberapa sekuens dengan melakukan penjajaran sekuens (sequence alignment) yang bertujuan mengidentifikasi kemiripan pada Deoxyribonucleic acid (DNA), Ribonucleic acid (RNA), atau protein. Salah satu metode yang digunakan untuk membentuk multiple sequence alignment adalah center star method. Metode ini terdiri dari empat tahap, melakukan pairwise sequence alignment dengan menggunakan algoritma Needleman Wunsch, menghitung matriks jarak dengan nilai dari pairwise sequence alignment, memilih center sekuens dengan total nilai jarak terkecil, dan melakukan penjajaran ulang (realignment) dengan mengurutkan sekuens berdasarkan panjang dan nilai jarak. Nilai scoring gap pada saat pairwise sequence alignment akan mempengaruhi hasil dari pemilihan center sekuens dan nilai dari distance. Dengan menggunakan metode center star dapat dilakukan analisis phylogenetic tree. Analisis phylogenetic tree akan dibentuk berdasarkan nilai pairwise sequence alignment dan nilai multiple sequence alignment.

Actions (login required)

View Item