Penggunaan primer degenerasi untuk isolasi fragmen gen pengkode enzim sucrose: sucrose 1-Fructosyltransferase (1-SST) dari dahlia (Dahlia sp.)

Kemal, Rahmat Azhari (2014) Penggunaan primer degenerasi untuk isolasi fragmen gen pengkode enzim sucrose: sucrose 1-Fructosyltransferase (1-SST) dari dahlia (Dahlia sp.). Diploma thesis, Universitas Al Azhar Indonesia.

Text (UAI) - Published Version Available under License Creative Commons Attribution Non-commercial. Download (0B)

Abstract

Inulin merupakan salah satu polisakarida yang bermanfaat di bidang kesehatan dan industri. Untuk memenuhi kebutuhan inulin, kadar inulin pada tumbuhan penghasil inulin dapat ditingkatkan melalui rekayasa genetika pada jalur biosintesis inulin. Untuk dapat melakukan rekayasa tersebut, sekuens gen yang terlibat dalam biosintesis harus dikarakterisasi terlebih dahulu. Penelitian ini dilakukan untuk mengisolasi dan menganalisis fragmen gen pengkode enzim yang mengkatalisis tahapan awal biosintesis inulin, yaitu 1-SST, dari akar dahlia (Dahlia sp.) dengan menggunakan primer degenerasi yang didesain secara semi manual dan RT-PCR. RNA dari akar dahlia telah berhasil diisolasi dan ditranskripsi balik menjadi cDNA. Dengan menggunakan cDNA yang dihasilkan, PCR telah dilakukan dengan dua kondisi, PCR-A yang memiliki suhu annealing rendah serta PCR-B yang memiliki ramp time. Namun kedua kondisi PCR tersebut belum dapat mengamplifikasi fragmen gen 1-SST dengan spesifik. Hasil PCR-A kemudian dijadikan template untuk rePCR dengan kondisi yang sama dan memunculkan suatu pita berukuran 750-1000 bp. Hasil purifikasi-gel pita tersebut dijadikan template sekuensing, namun hasil sekuensing tidak memuaskan, yang ditunjukkan oleh rendahnya peak yang muncul serta tidak adanya kemiripan sekuens dengan sekuens 1-SST di database. Primer baru dirancang secara bioinformatika dengan software CODEHOP dan PriFi. Hasil analisis penempelan primer menunjukkan primer yang dirancang dengan PriFi tidak memiliki penempelan mismatch dengan kelima sekuens 1-SST Asteraceae. Selain itu, hasil analisis blast primer menunjukkan primer PriFi memiliki query cover 100%, nilai maksimum identifikasi 91-92%, serta nilai E-score 0.0004-0.018 terhadap sekuens 1-SST Asteraceae. Hasil tersebut menunjukkan bahwa primer PriFi berpotensi untuk digunakan dalam percobaan isolasi gen 1-SST dari famili Asteraceae selanjutnya.

Actions (login required)

View Item